Kaplica pw. Podwyższenia Krzyża Świętego w Czartajewie została zbudowana w 1987 roku, staraniem ks. prał. Józefa Horodeńskiego (1910-2002), proboszcza siemiatyckiego (1968-1986) i ks. Bogusława Kiszko ówczesnego wikariusza (1977-1988).
Poświęcił ją 14 września 1991 roku ks. bp Władysław Jędruszuk (1918-1994), administrator apostolski diecezji pińskiej (1967-1991).W 1995 roku przy kaplicy zamieszkali Bracia Apostolatu Miłosierdzia Bożego (faustyni). Dnia 21 czerwca 1995 roku otrzymali od ordynariusza drohiczyńskiego zgodę na założenie domu zakonnego. Po pięciu latach pobytu odeszli z Czartajewa. W dniu 29 czerwca 2002 roku ks. Antoni P. Dydycz, biskup drohiczyński, erygował samodzielną parafię. Jej pierwszym proboszczem został ks. Roman Kowerdziej. Przy parafii istnieje jednocześnie Ekumeniczny Ośrodek Młodzieżowy, który został powołany dnia 10 czerwca 2001 roku przez ks. Antoniego P. Dydacza, biskupa drohiczyńskiego.